Patogena bakterier kan orsaka matförgiftningar eller andra sjukdomar. De påverkar livsmedelssäkerheten och är en fara som skall behandlas i faroanalysen. Gränsvärden för vissa bakterier finns i förordningen om mikrobiologiska kriterier för livsmedel (2073/2005). I övrigt ska företagen själva avgöra hur ofta provtagning och analys ska utföras samt vilken typ av analys som skall användas inom ramen för sitt HACCP-program.

Antalet arter av sjukdomsframkallande eller patogena mikroorganismer är förhållandevis litet i förhållande till det totala antalet arter mikroorganismer som finns i vår miljö, men konsekvenserna av patogena mikroorganismer kan bli förödande. Förgiftningen eller sjukdomen orsakas antingen genom mikroorganismerna själva (t. ex salmonella, Listeria monocytogenes), eller genom de toxiner (gifter), som mikroorganismerna bildar i livsmedlet (t.ex e.coli, Stafylokock aureus).